Musarraf 79 éves korában hunyt el Dubajban, ahol 2016 óta kezelték egy ritka, létfontosságú szerveket érintő betegség (amiloidózis) miatt. A gyászszertartáson, amelyet egy karacsi katonai táborban tartottak, mintegy tízezren vettek részt, elsősorban állományban lévő és nyugállományú katonatisztek. A volt elnök holttestét egy katonai temetőben helyezik örök nyugalomra.
A temetésen sem Arif Alvi elnök, sem Sehbaz Sarif miniszterelnök, sem Aszim Munir vezérkari főnök nem vett részt.
Az eseményt sem a kormány, sem a hadsereg nem jelentette be hivatalosan.
Pervez Musarraf a hadsereg vezetőjeként 1999-ben vértelen puccsal döntötte meg az akkor kormányfőként szolgáló Navaz Sarif hatalmát, és 2008-ig irányította elnökként Pakisztánt. Ő volt az ázsiai ország legtovább hivatalban maradó államfője.
Egy pakisztáni különbíróság 2019-ben hazaárulás és az alkotmány megsértése vádjával halálra ítélte a külföldön tartózkodó Musarrafot.
A vád szerint a volt elnök hazaárulást követett el, amikor 2007-ben a rendkívüli állapotra hivatkozva felfüggesztette az ország alkotmányát, és bebörtönözte a legfelsőbb bíróság azon tagjait, akik nem voltak hajlandók elfogadni a döntését. Musarraf sosem ismerte el az ellene felhozott vádakat, melyeket politikailag motiváltaknak nevezett.