Farkas Bertalan a Szabolcs-Szatmár-Bereg megyei Gyulaházán született 1949-ben, középiskolai tanulmányait Kisvárdán folytatta, a Bessenyei György Gimnáziumban érettségizett. Jeleskedett a labdarúgásban, de miután Nyíregyházán megismerkedett a sportrepüléssel, úgy döntött, hogy pilóta lesz. 1967 és 1969 között elvégezte a Kilián György Repülő Műszaki Főiskolát Szolnokon, 1970-től 1971-ig a szovjet Repülő Műszaki Főiskola növendéke volt. 1972-ben repülőtiszt, majd négy évvel később első osztályú vadászrepülő lett.
A magyar légierő pápai alakulatánál szolgált, majd önként jelentkezett űrhajósnak, és 1978-tól századosi rendfokozattal űrhajóskiképzésen vett részt.
A szocialista országok közös űrkutatási programja, az Interkozmosz keretében az 1970-es évek második felében vált lehetővé, hogy a szovjet Szojuz űrhajókon a tagországok egy-egy képviselője is feljusson a világűrbe. Űrhajósnak a már sokrétű szűrésen, kiképzésen átesett vadászrepülőgép-pilóták jelentkezhettek. Az 1977 tavaszán a kecskeméti Repülőorvosi Vizsgáló és Kutatóintézetben (ma Repülőorvosi-, Alkalmasságvizsgáló és Gyógyító Intézet) kezdődött folyamat során a jelöltek körét négyre szűkítették.
Közülük ketten – Farkas Bertalan és Magyari Béla – a Moszkva melletti Jurij Gagarin Űrhajóskiképző Központban, népszerű nevén Csillagvárosban végezték a további felkészülést 1978 és 1980 között. Kettejük közül a választás már 1978-ban Farkas Bertalanra esett, akit szükség esetén Magyari Béla helyettesített volna.
A tervek szerint a szovjet–magyar űrutazásra 1979-ben került volna sor, de áprilisban technikai hiba miatt meg kellett szakítani a szovjet–bolgár űrrepülést,
s az a döntés született, hogy amíg nem tisztázzák a probléma okát, a magyar űrhajós és szovjet társa nem szállhat fel.
Farkas Bertalan kutatóűrhajós és Valerij Kubaszov parancsnok 1980. május 26-án, magyar idő szerint 20 óra 20 perckor a Szojuz-36 fedélzetén indult útnak a kazahsztáni Bajkonur űrközpontból. Magyarország ezzel a nemzetek sorában hetedikként lépett ki a világűrbe. Az űrhajó egy nappal később dokkolt a Szaljut-6 űrállomáson, ahol Leonyid Popov és Valerij Rjumin szovjet űrhajósok fogadták őket. A nemzetközi személyzet programjában több, magyar kutatóintézetek által tervezett orvosbiológiai, fémtechnológiai, fizikai, távérzékelési és erőforráskutatási kísérlet és megfigyelés is szerepelt. Vizsgálták, hogyan termelődik az emberi szervezetben kozmikus körülmények között az interferon fehérje.
A Pille sugárdózis-mérővel az űrhajósokat érő sugárzást, a Balaton nevű műszerrel szellemi munkavégző képességüket figyelték meg.
Utóbb elárulta, hogy 68 kilójával asztronautának vékonydongájú volt, szkafanderébe kis ólomtéglákat kellett szerelni, hogy meglegyen az előírt súlya.
Farkas és Kubaszov a Szojuz-35 fedélzetén június 3-án ért földet Kazahsztánban, ők voltak az elsők, akiknek a Földre való visszaérkezés alatt 45–50 g-s túlterhelést kellett elviselniük. Az első magyar asztronauta 7 napot, 20 órát és 45 percet töltött a kozmoszban, visszaemlékezése szerint leírhatatlan érzés volt meglátni Magyarországot a világűrből.
Az űrutazásnak hatalmas visszhangja volt, a magyar űrhajóst hősöknek kijáró tiszteletadással fogadták, állami kitüntetéseket kapott és alezredessé léptették elő.
Farkas Bertalan 1986-ban a Budapesti Műszaki Egyetemen közlekedésmérnöki diplomát szerzett, és a Magyar Tudományos Akadémia Interkozmosz Tanács kutatócsoportjának munkatársa, mérnök ezredes lett. 1991-től repülhetett újra teher-, személyszállító és sportrepülőgépekkel, 1995-től dandártábornok, a honvédség repülőszemlélő-helyettese volt. 1996-ban légügyi attasé lett az Egyesült Államokban, 1997-ben nyugállományba vonult. Ezután gazdasági vállalkozásokba fogott, majd a Zrínyi Miklós Nemzetvédelmi Egyetemen (ma a Nemzeti Közszolgálati Egyetem Hadtudományi és Honvédtisztképző Kara) kutatómérnökként katonai környezetvédelemmel foglalkozott, és tudományos tanácsadóként is dolgozott.
Számos kitüntetés birtokosa, többek között 2019-ben Hazáért Érdemjellel tüntették ki, valamint a Magyar Kultúra Lovagja elismerésben részesült.
2020-ban Görgei Artúr-életműdíjat kapott, 2022-ben a Vitézi Rend tagjává avatták. Budapesten oktatási és módszertani központ viseli nevét, és egy kisbolygót is elneveztek róla. 1985-ös megalakulása óta tagja a Nemzetközi Űrhajós Szövetségnek, egyik alapítója a Space for Earth Alapítványnak.
Ma is kedvelt és népszerű személyiség, szívesen találkozik az érdeklődőkkel, és beszél űrutazásáról. Rajta kívül eddig még csak egy magyar ember járt a világűrben, de űrturistaként saját pénzén, az Amerikában élő Charles Simonyi (azaz Simonyi Károly) 2007-ben és 2009-ben.
A második magyar űrhajós a HUNOR magyar űrhajós programban idén májusban kiválasztott Kapu Tibor gépészmérnök (tartalékosa Cserényi Gyula) lesz, aki az amerikai Axiom Space vállalat és az Amerikai Űrkutatási Hivatal (NASA) missziójával utazhat majd a Nemzetközi Űrállomásra.
Kiemelt kép: Farkas Bertalan űrhajós a Hogy volt? című tévéműsor felvételén, az MTVA Kunigunda utcai gyártóbázisán 2014-ben (MTVA Fotó: Zih Zsolt)